Trong kì thi tuyển ninja trung đẳng (chunin), Orochimaru đã tiến hành âm mưu hủy diệt làng Lá của hắn. Làng Âm Thanh (do Orochimaru lập nên) đã liên minh với làng Cát để tấn công bất ngờ làng Lá. Trước đó Orochimaru đã ám sát thành công Kazekage (Phong Ảnh) và cải trang thành Kazekage để dễ bề sai khiến làng Cát và tiếp cận hòng ám sát Hokage đệ tam. Trong trận chiến, Sarutobi đã đấu tay đôi với Orochimaru, ông cảm thấy hối hận vì trước đây đã không thẳng tay với hắn. Orochimaru sử dụng nhẫn thuật độc môn đặc biệt của hắn, đó là thứ cấm thuật (forbidden jutsu) mà trước đây hắn nghiên cứu lúc còn ở làng Lá, nay đã thành công. Hắn triệu hồi hai tử nhân mang linh hồn và sức mạnh của Hokage đệ nhất và đệ nhị để đấu với Hokage đệ tam; may mắn là Sarutobi đã kịp ngăn hắn triệu hồi sức mạnh của Hokage đệ tứ. Trong trận chiến Sarutobi đã triệu hồi lão Hầu vương Enma, hai "ông già" đã cùng sát cánh chiến đấu nhiều năm nên phối hợp rất ăn ý.

Nhưng trước 3 đối thử lợi hại đó, Enma cũng không thể giúp Sarutobi chiếm thế thượng phong. Đến khi gần kiệt sức, Sarutobi buộc phải sử dụng thuật triệu hồi thần chết của Hokage đệ tứ (Thi quỷ phong tận - Shiki Fuujin). Khi đã sử dụng thuật này thì bản thân và đối thủ đều bị rút linh hồn cho Tử thần. Sarutobi triệt hạ được sức mạnh của hai Hokage quá cố và ông quyết tâm lôi Orochimaru cùng xuống địa ngục. Nhưng do sức cùng lực kiệt, và bị Orochimaru đâm kiếm vào người Hokage đệ tam không thể tiêu diệt Orochimaru, ông chỉ có thể phong ấn đôi tay hắn để hắn không còn dùng thuật hại người nữa. Orochimaru đã chạy trốn ngay sau đó.

Hokage đệ tam luôn tin tưởng vào làng Lá sẽ không bao giờ khuất phục trước mọi kẻ thù. Ông rất kì vọng vào thế hệ trẻ (Naruto và các bạn) mà theo ông là những mầm xanh của làng Lá. Cuộc tấn công làng Lá cũng đã được chặn đứng trên khắp mọi mặt trận, nhờ vào tài năng và lòng dũng cảm của mọi thế hệ trong làng.

Cái chết của Hokage đệ tam là một tổn thất lớn, làng Lá cũng bị hư hại rất nhiều. Làng Lá đã tổ chức tang lễ cho Hokage đệ tam và những người hy sinh trong trận chiến. Ngay sau đó là tìm ra người cho chức vị Hokage đệ ngũ, thay thế Hokage đệ tam điều hành làng Lá. Và người được lựa chọn là Senju Tsunade- học trò của Hokage đệ Tam.